在CTC模式編程的時候，要執行的步驟如下：
1. 將PD4~PD5 設置為輸出（默認為低電平）。DDRD|=BIT(4)|BIT(5);
2. 決定比較輸出模式，試驗中為模式電平取反。TCCR1A=0x50;
3. 決定方波產生模式位，試驗中是模式4, 亦即WGM12=1。TCCR1B|=BIT(3)；
4. 決定分頻N，這里就假設去1 吧，無預分頻。TCCR1B|=BIT(0);
5. 在步驟3 中，方波產生模式位為4，換句話說就是OCR1A 決定匹配的最大值。
CTC模式實際上就是比較輸出模式，輸出占空比相同的脈沖 頻率＝時鐘晶振/2N（1+OCRnA）
如：四個指令就可以配置好CTC模式（8M，輸出2KHz）：
DDRD|=0X30;
TCCR1A=0X50;
TCCR1B=0X09;
OCR1A=1999;
#include <iom16v.h>
#include <macros.h>
void main()
{
DDRD|=0X30; //set PD4 and PD5 iS out
TCCR1A=0X50; //開啟OC1A OC1B
TCCR1B=0X09; //配合TCCR1A，設置OC1A和OC1B為CTC模式，CTC時鐘源選擇系統8M時鐘
OCR1A=999; //設置OC1A的輸出頻率為4KHZ
OCR1B=59999; //設置OC1B的輸出頻率為200/3Hz
}